Thomas Duden studierte Physik in Clausthal-Zellerfeld, wo er auch promovierte. Die für die Forschung neu benötigten Apparate und Experimente erforderten stets ein hohes Maß an konstruktiver Tätigkeit - dies umfasste sowohl Elektronik, Programmierung von PCs und Mikrocontrollern, als auch die Berechnung elektronenoptischer Komponenten. Auslandstätigkeiten fanden im IBM Almaden Research Center, an der Arizona State University und am National Center for Electron Microscopy im Lawrence Berkeley National Laboratory statt. Thomas Duden ist seit dem 16. Lebensjahr lizenzierter Funkamateur und betreibt selbständig ein Konstruktionsbüro für die Entwicklung wissenschaftlicher Instrumente.