Escohotado declaró más de una vez «no tener otro estímulo que la autoaclaración, ni brújula distinta de averiguar cómo nace y acaba cada cosa».¿ Así pues, su obra se ha desarrollado como un proceso de autoaprendizaje de la variedad de temas que aborda aplicando un método de análisis genealógico, un enfoque histórico que organiza la información cronológicamente y recela de las taxonomías.

Durante los años 60 se formó como jurista y filósofo en la corriente raciovitalista de Ortega y Gasset y de Zubiri -influido por los conceptos de razón vital y razón histórica-, a través de los cuales accedió al conocimiento de Freud y sobre todo de Hegel, cuya filosofía de la religión analizó en su tesis doctoral La conciencia infeliz (1972). Esta obra junto con Realidad y sustancia (1985) -una incursión en el campo de la lógica y metafísica pura- ponen los cimientos de una sólida base filosófica sobre la que se asienta el resto de su producción intelectual. Con De physis a polis (1975) se remontó además a los pensadores presocráticos, mientras que a la vez jugaba un papel protagonista en el surgimiento de la isla de Ibiza como foco contracultural en la España del final del franquismo y el despertar democrático, al fundar la discoteca Amnesia (1976). Con el paso de los años evolucionó de una mayor aplicación a lo abstracto en su juventud y primera madurez, hacia un interés creciente por los datos extraídos de la observación de la realidad más concreta, tomando la opción de «una ciencia observante, arrinconada hoy por su rama predictiva».

Desde entonces y hasta hoy se consagra a estudiar y divulgar el origen y evolución de entidades humanas impersonales que representan la complejidad propiamente dicha, «que no son ni sujetos volitivos ni objetos inertes, sino seres de tercer tipo -como el entendimiento humano, la familia o la economía política-, resultado de concurrir ilimitadas acciones individuales en algún orden no planeado a priori». Este interés por la realidad como principio emancipador del simplismo sitúa la obra de Escohotado en el gozne entre la ontología y las ciencias del Hombre -según la expresión de Hume-: su perspectiva interdisciplinar combina una gran diversidad de saberes e intereses desde una posición humanística. Partiendo de la lógica y la metafísica, se interna en la epistemología y la teoría de la ciencia, para derivar después hacia fenómenos aún más propiamente humanos como la economía y el poder político, los mitos de género y las costumbres familiares y sexuales, o las modalidades de la ebriedad. El impulso común en todos estos campos es una afirmación de la libertad humana como antídoto frente al miedo, o a las imposiciones de autoridades ajenas a la responsabilidad personal.